El 23 de junio de 2002, se dictó una orden de prisión en mi contra ilegalmente de parte del Intendente de Policía de Pichincha por orden expresa de Marcelo Merlo y de Gustavo Noboa.

El 9 de julio de 2002 al levantarse la orden ilegal de prisión dictada en mi contra, comparecí a efectuar mi declaración ante la Fiscalía General de la Nación. Allí fundamentalmente expliqué que durante mi gestión JAMÁS se dieron partidas extrapresupuestarias. Y que lo que se dieron fueron traspasos, reordenamientos o modificaciones de partidas, todo dentro del presupuesto originalmente aprobado. Cosa parecida ha ocurrido cuando en el actual gobierno, para suspender el paro de la UNE, se tuvo que acceder a entregar más recursos a los profesores, que no constaban en el presupuesto original del Ministerio de Educación, para lo cual tuvieron que “reasignar”, según palabras de entonces Ministra de Educación, Rosa María Torres, fondos no gastados de otras entidades y ministerios a favor del Ministerio de Educación, sin elevar el techo del presupuesto. Igual cosa ocurrió cuando el ex ministro Pozo entregó recursos que no estaban presupuestados para financiar el Concurso de Miss Universo o cuando el actual Ministro Yépez anuncia que para financiar el alza de pensiones se harán las consiguientes reformas presupuestarias.

El 14 de agosto de 2002, fui recibido a pedido mío, por el ex Contralor Alfredo Corral para decirle que estaba presto para explicar cualquier hecho relacionado con las denuncias en mi contra, a sabiendas de que en Contraloría se habían iniciado exámenes especiales sobre tales denuncias sin haber sido notificado, como manda la ley, concretamente la Ley Orgánica de Contraloría y la LOAFYC. Pese a su supuesta aceptación, Corral jamás me citó a discutir ningún borrador del informe de Contraloría, por lo que el o los informes preliminares de Contraloría no son válidos.

El 22 de agosto de 2002, Corral se presentó ante la prensa y dio a conocer un borrador de un informe que establecía indicios de responsabilidad penal en mi contra.
El mismo 22 de agosto el Contralor envió ese seudo informe a la Fiscalía, y de allí en un abrir y cerrar de ojos se me inició un juicio con responsabilidad penal en la CSJ.

A fines de agosto de 2002, presenté un recurso de amparo constitucional en contra del acto administrativo de Contraloría (el examen en que se establecían indicios de responsabilidad penal en mi contra), porque se habían violado mis derechos constitucionales al habérseme distraído de mi juez natural, que es el Congreso Nacional, de conformidad con el artículo 130, numeral 9, de nuestra Constitución Política, ya que los ministros de estado deben primero comparecer al Congreso, para luego de un juicio político, determinarse si cabe enviar el proceso al Poder Judicial para los efectos consiguientes.

El 9 de septiembre de 2002, el Juez Octavo de lo Civil de Manabí concedió el recurso a mi favor, no obstante las amenazas del Presidente de la CSJ, Bermeo Castillo, de que le iniciaría juicio y lo destituiría de su cargo si me otorgaba el recurso, amenaza que se cumplió a raíz de que dicho juez, obrando apegado a derecho, decidió concederme el recurso. El Juez Orley Sornoza tiene desde entonces orden de prisión por no haber acatado las presiones de Bermeo. En apelación, el TGC desechó por razones técnicas (llámense políticas) lo actuado por el Juez Sornoza.

Entre agosto y septiembre de 2002, fueron interrogados por mi defensa los cuatro auditores que suscribieron el informe de Contraloría en la Fiscalía y todos ellos admitieron que yo no tenía participación alguna en ilícitos en el Ministerio de Economía y que jamás su análisis había establecido transferencias de dinero ni beneficios económicos para nadie, por lo tanto no cabía hablar de peculado. Su investigación informes se habían limitado exclusivamente a señalar una diferencia de fechas en las resoluciones presupuestarias, sobre lo cual nada tenía que ver yo como Ministro de Economía y Finanzas. Lo propio declararon los funcionarios del Ministerio de Economía.

El 23 de octubre de 2002, la Fiscalia General de la Nación, representante de la vindicta pública, emitió su dictamen en el que me acusó como “encubridor” del delito de falsificación de documentos públicos (Art. 338 del Código Penal), no obstante que quienes declararon en el proceso dijeron categóricamente que en el tema de la diferencia de fechas en las resoluciones presupuestarias yo no había tenido ninguna participación, pues los documentos públicos primero se firman por la autoridad competente y luego se numeran y fechan por parte de las Secretarías respectiva. Y que además estas resoluciones presupuestarias no eran ni siquiera documentos firmados en el despacho del Ministro, sino en otras dependencias del MEF.

El 31 de octubre de 2002, el Procurador General, representando los intereses del estado ecuatoriano, se hizo eco del dictamen fiscal y me acusó de lo mismo, añadiendo que no habían bases para acusarme de peculado. El “delito” por mi cometido, estribaba, según el Procurador, en “no haber supervisado adecuadamente a mis subalternos”, olvidando que en materia penal nadie responde por actos de terceros, sino por los propios. Pero el Procurador ratificó la inexistencia de peculado.

El 20 de diciembre de 2002, Bermeo Castillo dictó su providencia desconociendo el dictamen fiscal, violando así nuestro ordenamiento jurídico, y me acusó de “autor” ya no sólo de “encubridor” de falsedad en documentos públicos (Art. 338) sino también de “autor” de peculado (Art. 257 del Código Penal). Al proceder de esa manera, Bermeo violó la ley, concretamente el artículo 231 del Código de Procedimiento Penal, que no le permiten cambiar ni la naturaleza ni el grado del delito establecido por la Fiscalía.

El 23 de diciembre de 2002, apelé de la ilegal providencia de Bermeo, aduciendo “nulidad”, porque no había seguido el trámite previsto por la ley, al cambiar lo establecido por la Fiscalía.

El 17 de enero de 2003, Bermeo no concedió el recurso de nulidad planteado por mí, negándome de esa manera el debido proceso, porque la ley de manera expresa concede a todo acusado el derecho a plantear el recurso de nulidad.

El mismo 17 de enero de 2003, Bermeo concedió el recurso de apelación, mismo que recayó bajo sorteo en la Segunda Sala de lo Penal de la CSJ. Esta sala devolvió el proceso a Bermeo el 29 de abril de 2003, “para que lo enderece”, aduciendo que Bermeo no había seguido el trámite previsto en la ley, al negarse a considerar el pedido de nulidad por mi planteado.

El 7 de mayo de 2003, Bermeo concedió el recurso de nulidad.

16.- En alegato presentado a la Sala el 13 de mayo de 2003, solicité la nulidad del juicio en base de (a) habérseme distraído de mi juez competente, que era el Congreso Nacional, y (b) haberse violado el trámite previsto en la ley y el debido proceso, por parte de Bermeo, al haber modificado el grado y la naturaleza del delito establecido por la Fiscalía, que de acuerdo al Código de Procedimiento Penal vigente, es quien, de manera vinculante, determina el delito por el que debe acusarse.

El 19 de diciembre de 2003, la Sala, a través de Arturo Donoso, negó mi petición de Audiencia en estrados, para argumentar el recurso de nulidad planteado el 13 de mayo de 2003, aduciendo que era improcedente. Ese recurso estaba basado fundamentalmente: a) en la falta del juicio político previo y b) en el ilegal cambio del dictamen fiscal efectuado por el entonces Presidente de la Corte Suprema. Su negación constituye otra violación al debido proceso y un irrespeto a la Constitución y las leyes del Ecuador, pues viola el principio constitucional señalado en el numeral 13 del Art. 24 de la Constitución Política; y, además me causó indefensión, contraviniendo de esta forma el numeral 10 del mismo articulo; atentando, por lo tanto, el debido proceso. Esta y otras providencias que aquí detallo son evidencia de que ha existido de parte de la Sala o de alguno de sus integrantes animadversión hacia la causa o hacia mi persona. De otra manera, cómo se justifica que a mi Defensor se le haya negado el alegar en estrados aduciendo que no era el momento procesal, cuando en otros procesos que se tramitan en la misma Sala se han concedido más de cuatro audiencias de estrados en el mismo caso.

14 de enero de 2004.- Se concedió la apelación planteada ante los otros Magistrados integrantes de la Sala respecto a la negativa a conceder estrados.

26 de enero de 2004.- La Sala confirmó la resolución dictada por el Magistrado de Sustanciación Arturo J. Donoso Castellón el 19 de diciembre del 2003, negándose la solicitud formulada por el Dr. Carlos Julio Emanuel Morán para que se escuche en audiencia de estrados a su defensor y desechándose de esta manera el recurso de apelación.

28 de marzo de 2004--El Ministro Conjuez Permanente de Sustanciación concedió el recurso de apelación ante la Sala de su anterior providencia mediante la cual niega que el señor Dr. Hernán Donoso Velasco pueda ser mi abogado defensor, pese a que en uso de mi legitimo derecho de defensa y amparado por la Constitución y los pactos internacionales suscritos por el Ecuador, cualquier indiciado en una causa, es libre de escoger su defensa técnica sin limitación alguna.

16 de abril de 2004--La Contraloría emitió su informe DEFINITIVO sobre el exámen especial que practicaron al MEF sobre el tema de las partidas presupuestarias. En julio de 2003 la Contraloría había efectuado una convocatoria de resultados, en la cual se leyó a las partes un informe que señalaba que los supuestos autores del (supuesto delito de) cambio de fechas en las resoluciones presupuestarias, eran los analistas del MEF, sin especificar ni nombrar quienes eran o son estas personas. En el informe definitivo no se señalan responsabilidades penales o civiles contra ninguno de los que fueron injustamente acusados. Sólo se hacen ciertas recomendaciones administrativas. Dicho informe no presenta prueba alguna que ratifique lo expresado en los informes preliminares de agosto y septiembre de 2002 que fueron entregados a la Fiscalía, con los que se inició un juicio penal contra el ex Ministro Carlos Julio Emanuel y otros y que ahora queda desmentido por su propio informe definitivo.

17 de Mayo de 2004.- La sala rechazó los recursos de nulidad interpuestos.

23 de Mayo de 2004— Mi defensa solicitó la aclaración de providencia.

24 de Mayo 2004.- Hernán Donoso Velasco presentó una queja en la CSJ contra Jorge Andrade por intentar impedir su participación como abogado de Carlos Julio Emanuel en el juicio. Uno de los tres miembros de la Sala, el juez Arturo Donoso se ha mantenido ilegalmente en el trámite de este juicio, pese a que es sobrino carnal de Hernán Donoso Velasco, uno de los abogados que patrocina al Dr. Emanuel, hecho que legalmente lo obliga a excusarse. El Dr. Hernán Donoso ha presentado la correspondiente queja al pleno de la CSJ por esta ilegal conducta, que constituiría prevaricato.

25 de mayo de 2004.-La Sala desechó la aclaración de la providencia del 17 de mayo de 2004.

15 de Julio de 2004-.- A través de su representante legal, el ex ministro de Economía y Finanzas, Carlos Julio Emanuel, presentó una demanda de recusación en contra de Arturo Donoso, magistrado de la Segunda Sala de lo Penal de la Corte Suprema de Justicia (CSJ).

18 de Octubre de 2004.
Audiencia en Estrados ante la Segunda Sala de lo Penal de la Corte Suprema de Justicia.